Etude Scanelis : sur les traces de la PIF

Conférence AFVAC 2008, Strasbourg (Corine Boucraut-Baralon, Scanelis)

L’infection par les coronavirus félins est aujourd’hui très répandue dans les collectivités félines. Si répandue même que beaucoup d’éleveurs se posent des questions quant à l’intérêt de son dépistage par rapport au risque réel - assez faible, de voir apparaître des cas de Péritonite Infectieuse Féline (PIF), dans la mesure où aucune méthode de dépistage n’a de valeur prédictive sur le devenir de l’infection et que le coût de ce dépistage n’est pas négligeable.
Cependant, ce nombre de cas de PIF, même s’il représente un faible pourcentage des chats infectés par des coronavirus, est en augmentation constante et il est toujours très difficile de gérer pour un éleveur le diagnostic de la maladie chez un de ses chatons, que ce soit chez lui ou plus souvent dans les semaines ou les mois qui suivent la vente.
Les cas de PIF vont apparaître chez des animaux qui ont été infectés par un coronavirus entéritique banal, souvent dans les semaines qui suivent la naissance (une infection massive étant probablement un facteur de risque important). Cette infection est un facteur nécessaire mais pas suffisant : le stress est également un facteur majeur tout comme la susceptibilité individuelle (prédisposition génétique fortement suspectée). L’hypothèse scientifique la plus fréquemment avancée est que les coronavirus dits « entéritiques » (encore trouvé sous la dénomination FECV dans la littérature anglo-saxonne) pas ou très peu pathogènes peuvent subir des modifications génétiques qui auront pour conséquence l’apparition de virus hautement pathogènes (FIPV), capables de se répliquer à un niveau élevé dans les monocytes et macrophages et de provoquer l’apparition de lésions très caractéristiques dans certains organes.

Pathogénie de l’infection

Classiquement on distingue deux biotypes du virus : les coronavirus entéritiques qui infectent principalement les cellules épithéliales du tube digestif, qui sont peu ou pas pathogènes et les coronavirus pathogènes responsables de la péritonite infectieuse féline qui provoquent une infection systémique et se répliquent principalement dans les monocytes sanguins et les macrophages.
Cette dichotomie est assez théorique puisque les coronavirus qualifiés d’entéritiques sont également responsables d’infections systémiques même si leur réplication dans les monocytes et macrophages est limitée.
Après une primo-infection, un pic d’excrétion virale est observé dans les fèces une semaine après une infection des chats SPF (Specific pathogen free) par voie fécale-orale (souche entéritique administrée par voie orale).
Ces animaux restent asymptomatiques ou présentent une diarrhée transitoire.
Le niveau de portage est plus élevé chez les chatons que chez les chats adultes et reste élevé pendant 2 à 10 mois. Puis trois profils sont observés en fonction des animaux :

• un portage persistant (au minimum 9 mois) : le virus est excrété en quantité importante et de façon quasi continue
• un portage intermittent : le niveau d’excrétion est moindre et il y a une alternance entre phases d’excrétion et phases de non excrétion
• un portage transitoire : les animaux cessent totalement d’excréter le virus au bout de 5 à 19 mois, le niveau d’excrétion est plus faible que dans les deux catégories précédentes.

Lorsque ces chats sont ré-infectés, s’ils excrétaient le virus à ce moment là, il n’y a aucun changement dans le niveau d’excrétion et si ils n’excrétaient plus, tout se passe comment lors de la première infection.
Dans la population de chat étudiée, il n’a été observé aucun effet de la gestation, de la lactation ou d’un traitement par les corticoïdes sur le niveau d’excrétion ou l’excrétion chez des chats n’excrétant plus.
Source : Pedersen NC et al, 2008, Pathogenesis of the feline enteritic coronavirus excretion, Journal of feline Medicine and Surgery, 10, 529-541.
Une des questions les plus délicates sur la pathogénie de cette maladie concerne les mécanismes permettant d’expliquer pourquoi un virus pas ou peu pathogène peut être à l’origine d’une maladie mortelle chez certains animaux.
Une modification du tropisme du virus a été mise en cause, probablement liée à l’apparition de mutations sur le génome du virus. Cependant certaines de ces mutations caractérisées il y a quelques années ne se sont pas avérées spécifiques des souches pathogènes du virus et ont pu être mises en évidence sur des virus hébergés par des animaux totalement asymptomatiques. Plus qu’un changement radical de tropisme (sensibilité particulière des monocytes et macrophages), c’est plutôt une différence dans le niveau de réplication du virus dans les cellules macrophagiques qui est observée. En effet les quantités de virus retrouvés dans les tissus des animaux malades sont très supérieures à celles que l’on retrouve chez des animaux sains.
A l’heure actuelle, il n’y a donc pas de preuve formelle de l’existence de ces mutations bien que cette explication soit la plus probable.
Par ailleurs, en parallèle de cette modification de tropisme cellulaire, la réponse immunitaire de l’animal semble inadaptée puisque les cellules infectées ne sont pas détruites par le système immunitaire. Ainsi il a été démontré que des cellules macrophagiques infectées par le virus internalisent les antigènes viraux en présence d’anticorps spécifiques, et ne sont pas reconnues comme infectées par le système immunitaire. Ce phénomène semble spécifique à ce type cellulaire et pourrait expliquer au moins en partie le phénomène d’échappement du virus vis-à-vis du SI, la longue durée d’incubation et la persistance de l’infection.
Le risque de voir la maladie apparaître chez un chat infecté est assez faible et augmente avec la taille de l’effectif dans lequel l’animal évolue (entre 5 et 15% des animaux infectés vont développer la maladie). Les autres facteurs de risque sont le stress (également lié à la taille de l’effectif mais également chirurgie, changement de propriétaire, saillie, exposition…) qui est un élément déclenchant majeur.
En revanche il n’existe pas de test prédictif permettant de détecter parmi les animaux infectés ceux qui vont développer la maladie. Le risque semble maximal dans les 6 mois qui suivent la primo-infection (sur 100 cas de PIF humide, 70% concernent des animaux d’un an ou moins d’un an, source Scanelis).
Par ailleurs la maladie en elle-même n’est pas ou très peu contagieuse.

Dépistage et diagnostic : un problème complexe

Le dépistage (collectif ou individuel) permet de savoir si un effectif est contaminé ou non par le coronavirus. Si le dépistage révèle une absence d’infection (cas de faibles effectifs en particulier), il est important pour l’éleveur de maintenir ce statut et donc d’éviter tout contact avec des animaux porteurs de coronavirus mais également d’alerter les acheteurs sur le risque encouru par un animal négatif qui serait mis en contact d’animaux excréteurs de coronavirus. De nombreux cas de PIF sont décrits chez ces animaux qui, après une primo-infection par un coronavirus entéritique banal et à la faveur d’un stress (changement de milieu par exemple), vont développer souvent rapidement la maladie, pouvant faire penser qu’il vaut finalement mieux vivre avec du coronavirus dans son élevage plutôt que sans.
Si l’effectif est contaminé (c’est-à-dire dans la plupart des cas), il est possible de limiter la circulation de virus en groupant les animaux en fonction de leur statut. Le dépistage des reproducteurs en particulier, bien que coûteux, permet de connaître le statut individuel de chaque animal et en particulier

• d’isoler les animaux fortement excréteurs et les excréteurs chroniques (et surtout éviter le contact avec de très jeunes animaux)
• de sélectionner les animaux plutôt résistants à l’infection (animaux séronégatifs ou excrétant pas ou peu de virus alors qu’ils vivent au contact d’animaux fortement contaminés).
  Ce dépistage paraît nécessaire au moins dans les effectifs où plusieurs cas de PIF ont été signalés (importance du diagnostic de certitude de ces cas de PIF). La pression infectieuse est en général élevée dans ces collectivités. De plus certaines lignées semblent prédisposées génétiquement.
  De façon générale, le dépistage est également important pour gérer l’introduction d’un nouvel animal dans l’effectif ou les saillies extérieures qui sont deux facteurs de risque d’introduction du virus.

Les moyens du dépistage
Deux grands types de moyens sont disponibles. Ils sont complémentaires.
 Méthodes indirectes
La sérologie permet de détecter la présence d’anticorps dirigés contre les coronavirus quels qu’ils soient. Un animal infecté se positive en 15 jours à 1 mois après l’infection la plupart du temps. L’excrétion du virus précède la séroconversion. Quelques cas d’absence de séroconversion sur le long terme ont cependant été décrits chez des animaux infectés et porteurs de virus.
En France, de nombreux tests sont mis à disposition des vétérinaires pour ce dépistage :
* Tests rapides d’immuno-migration (tests qualitatifs). A noter que la dénomination de test PIF a été abandonnée. Le seul test commercialisé à l’heure actuelle (et à compter du mois de Décembre 2008) est le ®Speed F coronavirus de Biovetotest.
* Immunofluorescence (tests quantitatifs) : différents laboratoires proposent ce test mais les méthodes varient en fonction des laboratoires
* ELISA (tests quantitatifs ou qualitatifs selon les labos) : là encore les méthodes diffèrent en fonction du laboratoire.
Il est très difficile voire impossible de comparer les résultats venant de différents laboratoires, tout particulièrement les résultats quantitatifs, y compris si ils ont été obtenus avec la même technique. Même les seuils de positivité peuvent varier (un titre considéré comme faiblement positif dans un labo peut être considéré comme négatif dans un autre). Les résultats obtenus dans les études publiées sont également difficilement transposables pour les mêmes raisons.
Le test d’immuno-migration est légèrement moins sensible que les tests effectués en laboratoire et la méthode ELISA est la plus sensible.
Ces méthodes ont l’avantage d’être peu coûteuses et sont intéressantes pour évaluer l’infection dans une collectivité. Cependant elles ne permettent pas de connaître avec précision le statut d’excréteur de l’animal et en particulier de détecter les excréteurs chroniques, dont les titres sérologiques ne sont pas toujours différents de certains chats porteurs transitoires. Des animaux ayant éliminé le virus peuvent ainsi rester séropositifs plusieurs semaines voire plusieurs mois, de même que des animaux récemment contaminés peuvent être séronégatifs. Lors de contamination expérimentale ou naturelle, il a été montré que certains animaux ne présentent pas de séroconversion alors qu’ils excrètent du virus. Il existe cependant globalement une corrélation entre la séropositivité et l’excrétion virale. Même si il semble exister une corrélation entre le titre en anticorps et la persistance de l’infection, il n’est pas possible de déterminer précisément le statut d’excréteur d’un animal sur la base d’un résultat sérologique isolé. Certains animaux avec des titres élevés peuvent après isolement voir leur titre en anticorps baisser fortement alors que d’autres, infectés chroniques, présentent toujours des titres élevés après séparation. Il est donc difficile de corréler la quantité de virus excrété et le titre sérologique, surtout au vu de la multitude des tests pratiqués en France. D’où l’intérêt des méthodes de détection directe du virus.

 Méthodes directes
Afin de déterminer le statut individuel d’un animal, il est possible de rechercher directement par PCR (RT-PCR) le génome des coronavirus dans les fèces. Cette méthode est très sensible et permet donc de détecter de très faibles quantités de virus. Une information qualitative présente un intérêt limité sur une analyse ponctuelle dans la mesure où beaucoup d’animaux sont positifs, certains pouvant excréter des quantités très importantes de virus (jusqu’à 1016 particules virales dans un écouvillon rectal) et d’autres très peu. Pour confirmer qu’un chat détecté positif auparavant, n’excrète plus de virus, il est nécessaire d’obtenir plusieurs résultats négatifs sur quelques semaines. Pour évaluer le statut d’excréteur chronique, il faut donc renouveler les analyses sur plusieurs mois, ce qui est difficilement réalisable en pratique étant donné le coût. Des méthodes quantitatives ont été développées (real-time RT-PCR), permettant de déterminer le niveau d’excrétion du virus dans les fèces. Plusieurs études ont montré une corrélation entre la charge virale excrétée et la fréquence de l’excrétion, les animaux excréteurs chroniques étant également ceux qui excrètent les quantités les plus importantes de virus en permanence. Sur le plan épidémiologique, ces animaux sont donc particulièrement dangereux. Dans un effectif, les excréteurs chroniques représentent souvent un très faible pourcentage des animaux, il est donc assez simple une fois qu’ils ont été détectés de les isoler et de les exclure de la reproduction. Pour déterminer le statut d’excréteur chronique d’un chat adulte, il est recommandé de tester l’animal une première fois et si la charge virale est importante, de le tester à nouveau 1 à 3 mois plus tard. Si la charge n’a pas évolué, il est probable que l’animal soit un excréteur chronique. Ces analyses sont réalisées par PCR en temps réel.
En revanche, la réalisation d’analyses PCR quantitatives chez de très jeunes animaux (chez lesquels la primo-infection est récente) n’apportera pas nécessairement des informations très pertinentes car chez ces animaux, les charges virales lors de primo-infection sont plus importantes que celles que l’on peut retrouver sur des adultes et elles peuvent évoluer rapidement. Une charge virale très élevée à 2 ou 3 mois n’a pas de valeur prédictive sur l’apparition de la maladie, ni même sur le statut futur de porteur chronique.
La méthode de détection des antigènes sur biopsies ou organes est réservée au diagnostic de la maladie et est encore peu utilisée en France.

Pratique du dépistage et conduite d’élevage

La conduite d’élevage et les mesures préventives sont évidemment très importantes. Le dépistage n’est qu’un outil qui permet de prendre les décisions et de mettre en œuvre les mesures les plus adaptées à la situation épidémiologique d’un élevage mais également de vérifier l’efficacité de ces mesures.
Par exemple la pratique du sevrage précoce donne des résultats assez contradictoires en fonction des études. Il semble que le sevrage précoce soit plus efficace dans les petits effectifs (moins de 6 chats) et lorsque la pression infectieuse est faible. Ainsi des mesures de sevrage précoce qui peuvent être très efficaces dans un élevage ne le seront pas forcément dans un autre (d’après certaines études, en milieu très infecté les chatons peuvent se contaminer à 2 semaines, notamment si ils naissent de mères porteuses chroniques). Il est donc intéressant de vérifier l’efficacité du sevrage précoce en réalisant des tests sérologiques (à 3 mois les chatons doivent être séronégatifs) et éventuellement des tests RT-PCR.
Connaître le statut de son élevage vis-à-vis du coronavirus (sérologies régulières, RT-PCR quantitatives) peut donc être utile pour hiérarchiser les priorités. En effectif très contaminé et notamment si des cas de PIF ont été diagnostiqués, il peut être très efficace de séparer, voire de sortir de l’élevage les quelques animaux excréteurs chroniques (en général 10-15% de l’effectif) afin de limiter la pression infectieuse. Si le niveau de contamination est globalement faible, il est nécessaire de surveiller tout particulièrement les nouvelles introductions.
Les tests présentent tout leur intérêt pour l’introduction d’un nouvel animal dans un effectif. Celui-ci devrait être isolé pendant au minimum 1 mois et deux tests sérologiques devraient être réalisés en début et fin de quarantaine pour s’assurer du statut négatif de l’animal. Si l’élevage est négatif, il est important de vérifier l’absence d’excrétion virale par RT-PCR. Si un animal positif doit être introduit dans un effectif déjà contaminé, le niveau d’excrétion de cet animal doit être évalué afin d’apprécier le risque d’introduction. Ce qui est difficile en pratique pour les animaux introduits très jeunes.
Les recherches de virus dans le sang par RT-PCR n’ont aucun intérêt en dépistage. En effet beaucoup d’animaux porteurs de coronavirus seront négatifs dans le sang, en particulier les adultes. Par ailleurs un résultat positif n’est pas un facteur prédictif de l’apparition de la maladie.

Intérêts des tests sérologiques et virologiques pour le diagnostic de la PIF

Ces tests de dépistage n’étant pas spécifiques des FIPV, il n’est pas recommandé de les utiliser en première intention. Cependant lorsque les éléments cliniques, hématologiques et biochimiques sont très en faveur d’une PIF ou lorsque l’examen histopathologique ne permet pas de conclure avec certitude, la RT-PCR peut apporter des informations complémentaires pertinentes (notamment recherche du virus dans certains organes comme foie ou rein ou dans les liquides d’épanchement).
La sérologie est très peu informative en raison du risque de faux positif liée à une infection par les coronavirus entéritiques bénins (cas des chats vivants en collectivité en particulier) et du risque de faux négatif (dans les formes humides notamment). Seuls des titres sérologiques très élevés sur des chats de particuliers peuvent être considérés comme ayant une valeur diagnostique. L’intérêt de la RT-PCR est assez controversé car cet examen est considéré comme trop sensible et à l’origine de nombreux faux positifs. Les études réalisées difficilement comparables car utilisant des méthodes différentes donnent des résultats assez contradictoires.
Il apparaît qu’une fois encore, la RT-PCR quantitative est plus intéressante que la RT-PCR conventionnelle puisqu’elle permet d’interpréter le résultat de façon plus fine.
Dans les formes humides, la présence de quantités importantes de virus dans le liquide d’épanchement a une bonne valeur diagnostique alors qu’une faible charge virale peut être rencontrée dans certaines pathologies inflammatoires comme les pancréatites, certaines cholangio-hépatites ou encore certaines formes de panleucopénie.
Dans les formes sèches « localisées » comme les formes nerveuses ou oculaires, le virus sera recherché préférentiellement dans le LCR ou l’humeur aqueuse.
Dans les autres formes sèches, la recherche du virus dans le sang total prélevé au moment des pics d’hyperthermie, surtout si elle est associée à une recherche quantitative dans les fèces est très informative. Car même si de faibles quantités de virus peuvent être retrouvées dans le sang de certains animaux porteurs de coronavirus en particulier au moment de la primo-infection, la virémie est plus importante lors de PIF. De plus dans le premier cas, les charges fécales sont extrêmement élevées, ce qui n’est pas le cas lors de PIF.
Dans une étude récente réalisée à l’université d’Utrecht, la sensibilité de la RT-PCR sur les cellules sanguines a été évaluée à 93% (méthode de référence : examen anatomo-pathologique). Dans une étude sur 35 cas confirmés par l’examen anatomo-pathologique réalisée chez Scanelis, la sensibilité était de 94%. Plusieurs études sur des populations importantes d’animaux asymptomatiques ou atteints de PIF ont montré que la spécificité diagnostique de l’analyse est supérieure ou égale à 94% selon le test utilisé.
La recherche du virus peut également être réalisée sur des biopsies de rein ou de foie, une charge virale importante est en effet retrouvée dans ces organes chez les animaux développant une PIF. Sur ces organes, la recherche d’antigènes est considérée comme une méthode de référence car très spécifique (mais cependant peu sensible).
La PCR peut donc s’avérer un outil très intéressant pour confirmer un diagnostic de PIF mais son utilisation n’exclue pas une démarche diagnostique rigoureuse, qui peut permettre souvent d’exclure la PIF sans avoir recours à cet examen complémentaire. Il est important également d’utiliser des tests RT-PCR parfaitement validés afin de s’assurer que la spécificité et la sensibilité sont optimales sur les prélèvements analysés, ces paramètres varient en effet beaucoup avec le test et le volume de prélèvement analysé.
Le dépistage de l’infection par les coronavirus est un sujet difficile. Quel outil, à quel moment et à quelle fréquence sont des questions récurrentes auxquelles il n’est pas facile de répondre de façon univoque. Le contexte épidémiologique (taille de l’élevage, cas de PIF, possibilité de séparer les animaux) mais également l’évaluation du rapport coût – bénéfice, très difficile à apprécier, sont autant de facteurs qui entrent en jeu dans la stratégie de prévention de la PIF.
Cette prévention passe avant tout par la recherche et l’isolement des porteurs chroniques de virus, peu nombreux, qui jouent un rôle majeur dans la transmission de l’infection aux jeunes et donc constitue un facteur de risque important d’apparition de cas de PIF. La méthode de RT-PCR quantitative permet de rechercher ces porteurs chroniques avec des protocoles moins lourds que la RT-PCR conventionnelle.
Mais les analyses ne font pas tout, elles doivent être accompagnées de mesures visant à limiter la source non animale de virus, constituée essentiellement par les litières qui doivent être nombreuses, nettoyées et désinfectées très régulièrement.

Quelques références bibliographiques récentes pour en savoir plus

+ d’infos sur le diagnostic de coronavirose féline par RT-PCR en temps réel